明成祖朱棣大兴土木，在庙宇成林的南京兴修规模如此宏大的大报恩寺，其目的何在？近600年来，围绕这一问题，一直是众说纷纭，智仁不一。
从现存的材料来看，大报恩寺的修建目的，应该说是多元的，且前后有所变化。在开始时，朱棣其实只是想把因火灾而毁坏的重要寺庙天禧寺重新修建起来。
大约是在永乐十一年，朱棣才把天禧寺的复建与报答朱元璋夫妇之恩联系起来。在此年的两份相关材料中，朱棣曾两次把正在复建中的天禧寺称作为大报恩寺。
值得注意的是，根据《明太宗实录》中的记载，直到永乐二十二年年三月时，朱棣因天禧寺将成，赐名大报恩寺并亲制碑文。由此可以看出，在永乐二十二年前，天禧寺这一名称仍在使用。
大报恩寺在兴修之初，并没有被称作大报恩寺，而是以重建天禧寺的名义进行的。《明太宗实录》卷一三一对此有明确记载：永乐十年八月丁丑，重建天禧寺。
朱棣之所以要重建天禧寺，主要有三方面的原因：一是因为该寺所在的位置即古长干里，历来就是佛教重地；二是因为天禧寺是朱元璋兴修的大刹，在明初拥有十分重要的地位，而且朱棣本人也曾对此维修过；第三，朱棣本人也想修建一座代表他水平的佛教建筑。
天禧寺所处的位置，是江南佛教重地。明万历年间葛寅亮曾对明代以前这一地区寺庙的兴废情形作过精辟的描述：在都城外南城地，离聚宝门一里许，即古长干里。
吴赤乌间，康僧会致舍利，吴大帝神其事，置建初寺及阿育王塔，实江南塔寺之始。后孙皓毁废，旋复。晋太康间，刘萨诃又掘得舍利于长千里，复建长干寺。
朱棣登基后，天禧寺的地位并没有动摇。在永乐三年，朱棣曾下令修缮天禧寺。永乐五年，仁孝皇后去世，朱棣下令在天禧寺举行盛会。
此年的十月，朱棣亲撰《报恩寺修官斋救》（当时该寺仍应称天禧寺），记述了这一盛典。不幸的是，不久以后，天禧寺即被人为纵火而毁。对于这一重要庙宇，朱棣很快就决定复建。
大报恩寺位于聚宝门外的长干里。其寺区而积，多达400亩。其东至虢国公神道，南至郭府坟，西至寺前大街，北至驯象街。
但这一地区北紧贴南护城河，南受制于雨花台丘陵，且地形由西向东逐步抬高，非常特殊。寺庙建筑的布局也因此深受影响。
何孝荣先生曾对明代南京寺院的基木布局作过论述，并对寺院布局的基本特点作过总结就总体而言，南京大报恩寺的寺院布局，大致体现了明代南京寺院的共性，即在继承宋元禅宗“伽蓝七堂”制的基础上有所变化。
不过，由于其地位的崇高，加上所处地形的特殊，大报恩寺的寺院布局又呈现出明显的自身特点。由于琉璃塔材质和建筑的特殊性，其施工难度是所有建筑中最大的。
从这个意义上说，琉璃塔一定是大报恩寺建筑群中最晚完工的。也正因为琉璃塔的最终完工，宣宗才会在宣德三年二、三月份的几次敕文中不厌其烦地多次提到了塔灯。
南京大报恩寺舍利塔在明宣德年间完工，在清咸丰时遭到了彻底毁坏，前后持续了四百多年时间。在这段时间里，天灾与人祸使南京大报恩寺及其琉璃塔面临着巨大的考验，一直处在毁坏、修缮与重建的轮回之中。
明朝初年，大内建筑的规制十分严格。大报恩寺房头众多，茹素修行，惟三藏殿内有石塔。宋天禧寺僧可政往陕西紫阎寺得唐三藏顶骨。归瘗于此。
《梵刹志》又谓：藏元奘发爪处，未知孰是。玻璃瓦被大量使用。前明琉璃瓦以备大内之需，其窑在南门外西善桥一带，谓之“琉璃窑”。报恩塔及孝陵享殿皆用琉璃瓦，壮丽无比。
有栴檀林。“京都栴檀林有二，南在报报恩寺，北在干河沿，其园池修整，寮舍精严，以北为胜。报恩寺不过坐拥厚赀，杜门谢客而已。寺内又有天禧堂，亦系房头所居之，屋皆作田字形，其富与旃檀林相埒。”
永乐皇帝敕建的大报恩寺，既在宏观层面上符合寺院建设规制，又不拘泥于细节的约束，具有非常独到的创新精禅。
在重建新大报恩寺时，不仅要争取“形似”，而且要做到“神似”，把永乐大帝的创新精神继承下来，并用这种创新精神，指导重建项目的策划、规划、建设、开发、管理和经营。
寺院文化景观中最具代表意义的是建筑文化景观。《大报恩寺全景图》画中中轴线明显，可看出笔者在有意识地追求对称规整的布局形式，并使轴线两侧配置殿堂也趋于同形同制。
从大报恩寺藏经殿功能的转变中可以看出，永乐年间对皇家佛寺的建筑规制，明成祖是根据实际情况，以改革的精神加以合理利用的。
万历间，葛寅亮整理南京寺院，将诸寺划分为大、次大、中、小四级。现分别从八大寺、部分中寺及小寺，推测明末寺院布局演变特点。
从八大寺布局中，可看出首先禅堂独立成禅堂院后，其位置不再受拘于明初“左斋堂右禅堂”的规式，可随宜择地而建，而将原式沿用于禅堂院内建筑布局上。
如栖霞寺、报恩寺、静海寺等；库司基本保持置于寺院左侧；方丈则由“不可远其徒”而变成不光远且与禅堂相隔于寺之左右侧，如鸡鸣寺和弘觉寺。
从传统建筑群的设计原则来看，佛教建筑的设计在心理上与古代“风水 ” 思想契合。而在轴线两侧对称设立殿堂建筑，并逐渐趋于同形同制，这种变化既与信众崇拜变化有关，又与寺院追求对称的建筑布局有关。
同时，受明初“祖制”与禅观的影响，禅院中殿堂的形制变化如同明初寺院制式的缩影。
中国传统的宗教寺院中有浓厚的生态意识，寺院园林受生态意识影响，逐渐发展起来。
中国古代佛道两教信徒最多，“佛教所追求的是超尘脱俗、恬静无为的主旨，道家所追求的是清净无欲、修养内丹的境界”。南京大报恩寺，则是明代寺庙兴盛繁荣期的代表之一。
佛寺建筑，一方面与自然环境相依相符，院落布局随地势自由展开，融自然山水、人工山水于院墙内外，神圣威严中现清新幽远，匀称严谨里显灵巧变幻。
另一方面在南北中轴线上，将钟楼阁、神殿法堂等宗教建筑对称排列，突出宗教空间的神圣和严谨。僧道先行，文人名士继之。
寺庙的选址与风景的建设相结合，意味着宗教的出世情感与世俗的审美要求相结合、南京大报恩寺寺院建筑布局以佛塔与佛堂为中心，各种传统古建组合于主轴与副轴之上，似“四合院”的形式，但又在其相地选址过程中。
因地制宜、在南北向轴线上将寺院大门、天王殿、法堂与经堂等主体建筑按佛教的规则先后一一展开，形成层层递进的深院式庭院结构。
不仅体现了传统建筑群体的严格对称和秩序，又使得建筑与风景景观自然融合，形成在严格对称中有变化、在多样变化中又保持统一的风貌。
在依山傍水的地势下，大报恩寺整体建筑与景观形成了相互交错、气势雄浑、变化万千的“风景建筑”景观。
殿宇僧舍依山就水、在布局上曲折通幽、高低错落，这样不仅成就了寺院风景建筑景观，其本身也无异于山水园林。
大报恩寺有了以寺院为主体的宗教建筑与世俗的风景景观相结合，一方面孕育了佛刹梵宇建筑文化艺术，另一方面增强了佛寺风景园林的艺术空间。
环境处理就把宗教的肃穆和人间的偷悦相结合考虑，更加重视庭院的绿化和园林的经营。
南京大报恩寺园林景观不仅具有丰富迤逦的自然环境，也有众多名胜古迹，蕴含着丰富的历史文化和动人传说，成为佛寺园林景观重要的构景条件。
寺庙园林是中国古典园林三大类型之一，佛教寺庙园林又是寺庙园林的重要组成部分。
寺庙园林的构成有三种形式，其一为园林与寺庙建筑融为一体，其二是达官贵人舍宅为寺，其三为自然风景区寺庙及其周围园林化环境，即郊野地带的寺。大报恩寺则是属于第一种。
大报恩寺的布局是“四合院”式的或在此基础上的变体，存在一条主轴线，植物与建筑相结合，寺内有小山林，一些建筑结合这些自然山水地形，在变化中保持统一，更好地烘托了宗教氛围，形成独具特色的寺庙园林山水景观。
大报恩寺中院落空间形式对于植物空间的限定和影响。佛寺中植物的种植大多依附建筑形式。
大报恩寺在组织空间方面基本按照院落式格局进行，以正殿为核心，游廊、院墙等其他建筑元素连接配殿和主体建筑，形成院落空间。建筑院落制式的限制致使植载形式偏向于采用规则式，用以鉴定和划分建筑出入口空间、院落空间等。
南京大报恩寺独特的佛寺文化景观在建筑空间与自然环境、植物生态的巧妙配合下显得格外灵活多姿。
佛塔、碑刻、抄手回廊、佛教植物等营造了浓厚的佛教氛围，突显了宗教意境，也能将到访者引入佛境。
寺院建筑与植物的关系，己不单是建筑与植物的衬托、对比，而是生命与神灵的融合、是不可分割的寺院文化景观的整体。