自1982年南京被国务院公布为首批“国家历史文化名城”以来，南京先后组织编制了四版历史文化名城保护规划。
多年来，南京一直致力于历史文化名城的保护，开展了一系列历史文化名城的保护、利用和展示工作，取得显著成效。
本次规划以实现“中华文化重要枢纽、世界古都杰出代表、具有广泛国际影响力的历史文化名城”为保护目标，构建老城—古都核心区—市域三个规划空间层次。
规划以6587平方千米南京行政辖区为历史文化名城保护规划范围，实现“中华文化重要枢纽、世界古都杰出代表、具有广泛国际影响力的历史文化名城”的保护目标。
老城以明京城城墙护城河(湖)对岸为界，包括明代京城及玄武湖；古都核心区为明外郭、秦淮新河与长江围合的范围，南至秦淮新河、北至绕城公路、西至长江、东至明外郭；市域指南京市行政辖区，是历代城市营建与发展的重要辐射区域。
强化山体与水系的保护。山体，要严格保护山形、山体轮廓线和制高点，严格控制山体周边的建设活动；水系，保护与古都格局密切相关的河湖水系，深入挖掘水系的人文、生态与景观价值。整体保护南京历代都城格局及其所依存的山水环境。
本次规划提出保护和延续六朝、南唐以来形成的道路走向与格局，保护国民政府时期以中山北路、中山路、中山东路为骨架的道路格局，保护老城不同历史时期形成的历史街巷和林荫道，明确永不拓宽的街巷名录；
保持老城“近墙低、远墙高，周边低、中心高，南部低、北部高”的总体空间形态。进一步严格控制历史城区、街区地段、明城墙沿线、玄武湖周边等的建筑高度；
保护标志性景观节点和相关的9条重要景观视廊，以及5段特色界面严格控制景观视廊范围内和特色界面周边的建设行为，展现山、水、城、林相互交融的环境特色。
南京已确定城南、明故宫、鼓楼—清凉山、北京东路四个历史城区，规划提出保护和延续历史城区的传统格局、空间形态、历史风貌和环境特征。在交通组织上，应以疏导为主，优先发展公共交通和慢行交通。
保护和延续“城、河、山、塔、寺、民居”一体的文化景观，形成集中体现明清南京老城传统风貌的特色片区；
保护和展示明皇城、宫城、护城河等遗迹遗址，标识历史信息，形成展示明代皇城格局的特色片区；
保护和展示近现代历史文化资源和清凉山石头城自然环境，形成彰显“龙蟠虎踞”地理形胜、近现代南京风貌、浓郁人文气息的特色片区；
保护和展示片区山环水抱、城林相融的格局风貌，形成以文化展览、旅游休闲为主的文化片区，集中彰显“山水城林”的特色。
南京城内分布着不少特色的历史街区，本次规划提出，保护和延续街区地段的整体格局、空间尺度和历史风貌特征。维持街区地段的社会生活延续性和活力，积极改善基础设施和人居环境品质。
根据梳理，南京共有历史文化街区11片，其中中国历史文化街区2片，省级历史文化街区9片，包括颐和路、高淳老街、南捕厅等。此外，还有历史风貌区28片，其中老城区16片，老城外围12片，包括天目路、金陵大学、原国民政府首都水厂等。
此外，南京还有38片一般历史地段，其中老城区14片，外围24片，包括陶谷新村、南京手表厂、白敬宇制药厂等。各区分布看，栖霞区8个，为最多，涵盖中国水泥厂、燕子矶老街等。
古镇古村是构成南京古都文化的重要组成部分。本次规划提出，持续做好古镇古村的普查、认定和公布工作，核心保护范围内除必要的公共设施和市政设施外不得新建、扩建等要求。
◆中国传统村落5个，分别是前杨柳、漆桥、石头寨村、张家村、王村村。省级传统村落62个。
南京的不可移动文物众多，本次规划提出贯彻“保护第一、加强管理、挖掘价值、有效利用、让文物活起来”的新时代文物工作方针。实施原址、原物、原状保护，保护真实的历史信息。
◆其中，仅全国重点文物保护单位55处(112个点)，此外还有尚未核定公布为文物保护单位的不可移动文物(一般不可移动文物)1596处(1599个点)。
◆目前，南京已公布五批次303处历史建筑，都需要各方严格按照规划进行保护。
提升历史文化名城的活力和创造力。以老城、紫金山为主体，以古都山水形胜为补充，充分利用明城墙、护城河、明外郭、秦淮河、历史轴线、历史街巷、历史水系等廊道，将历史文化资源、风景名胜区、山水人文景观等进行织补、串联、整合，进一步开放玄武湖滨湖岸线，激活环紫金山文化功能，构建古都文化生态网络。
充分挖掘市域历史文化内涵，通过长江、秦淮河、滁河、明外郭、古驿道、古运河古水道等文化廊道串联整合市域内历史文化资源相对集中的片区、古镇古村、自然山水空间等，挖掘文化线路、文化景观等新遗产类型。
建设反映南京科技、艺术和各朝代文化的博物馆，包括名人纪念馆，建设展示历代重要遗址遗迹的遗址公园。在城市门户、窗口地段及历史文化廊道沿线设计代表南京历史文化特色的标识物系列。
增加文化信息基础设施和标识等。提出了保护实施机制建议。完善历史城区、街区地段、古镇古村、文物保护单位、历史建筑的保护规划和图则编制，要与空间规划有效衔接，健全公众参与和社会监督机制等。